De grote waternavel is een typische oeverplant, die een soort deken over het water vormt. De bladeren lijken min of meer rond, met een insnijding tot aan de steel. De bladdiameter is 4 tot 10 cm. De bladrand is licht gekarteld (5 hoofdlobben aanwezig) en de bladsteel is in het midden geplaatst. Bloemen worden zelden waargenomen, maar zijn bij aanwezigheid grauwwit van kleur en relatief klein. Op de knopen van de stengels zit bij ieder blad een bosje wortels.
Grote waternavel kan, zeker als het jong is, verward worden met watergentiaan, waterranonkel, gewone waternavel en kikkerbeet. Gewone waternavel groeit niet in het water en heeft geen insnijding tot aan de steel. Bovendien zijn de blaadjes veel kleiner. Waterranonkel heeft veel kleinere drijfblaadjes, bloeit in het voorjaar met relatief grote witte bloemen en heeft onder water 'bladeren' die uit steeltjes bestaan. Watergentiaan bloeit geel en wortelt niet op knopen (heeft ‘ie niet). Bovendien heeft watergentiaan geen lobben. Kikkerbeet bloeit ook wit, wortelt niet op knopen en heeft een gladde bladrand.
Eerste meldingen grote waternavel tot en met 2010 (1403 Kb)