Het waterschap voert een zestal synergieprojecten uit samen met gemeenten, landeigenaren, drinkwaterbedrijven en terreinbeheerders. Het gaat om synergie in de uitvoering van maatregelen vanuit het Nationaal Bestuursakkoord Water en de Europese Kaderrichtlijn Water. Door de projecten verbetert de waterkwaliteit, wordt natuur hersteld en wateroverlast en verdroging aangepakt. Het Rijk stimuleert integrale projecten, waarbij verschillende waterdoelen worden gediend. Tot 2015 is circa €7 miljoen beschikbaar gesteld voor de zes projecten.
Het waterschap saneert samen met de gemeente Zundert een aantal riooloverstorten. In combinatie hiermee realiseert het waterschap waterberging en aanleg van (natte) ecologische verbindingszones. Dit zijn gedeeltelijk maatregelen uit de optimalisatiestudie afvalwatersysteem.
In landgoed De Moeren legt het waterschap een helofytenfilter (zuiveringsmoeras) aan. Hierdoor kan het landbouwwater worden afgekoppeld van de Turfvaart. Het water wordt geleid naar de Bijloop en dient dan als bron voor deze ecologisch waardevolle beek. Door de omleiding vermindert de wateroverlast vanuit de Turfvaart en kunnen de peilen in de Bijloop worden verhoogd. Dit komt het herstel van de natte natuurparel ten goede.
Het project West-Brabantse Waterlinie richt zich op de herinrichting van de Grote en Kleine Melanen. Maatregelen zijn ondermeer de sanering van riooloverstorten en vervuilde waterbodems. Ook wordt retentie aangelegd voor piekafvoeren uit het stedelijk gebied. Hierdoor ontstaat een aantrekkelijker recreatiegebied en verbetert de kwaliteit van de natte natuurparel Halsters Laag. Ook wordt de drinkwatervoorziening beschermd tegen verontreinigingen. Het project is een samenwerkingsverband tussen het waterschap en de gemeente Bergen op Zoom.
Het waterschap en de gemeente Rucphen hebben een maatregelprogramma samengesteld om het afvalwatersysteem te optimaliseren. De maatregelen hebben betrekking op de Omloop Bakkersberg, onderdeel van KRW-waterlichaam Molenbeek. Riooloverstorten worden daar aangepakt door regenwater af te koppelen en bergbezinkbassins aan te leggen. Met het programma voldoet waterschap Brabantse Delta zowel aan de ‘basisinspanning’, als het ‘waterkwaliteitsspoor’ en ook het bestuursakkoord waterketen 2007.
Dit project omvat het inrichten van het gebied Jagersrust. Het gebied ligt in de invloedssfeer van het KRW-waterlichaam Groote Meer. Jagersrust heeft momenteel door agrarisch gebruik een sterke negatieve invloed op de waterkwaliteit en –kwantiteit van het vennencomplex. Ook de waterkwaliteit van het waterlichaam Agger wordt negatief beïnvloed. Het waterschap, de gemeente Woensdrecht en de provincie Noord-Brabant financieren het project. Tevens nemen Evides, Natuurmonumenten en het grenspark Zoom-Kalmthoutse Heide eraan deel. Groote Meer is een Natura 2000-gebied en heeft hoge prioriteit (sence of urgency).
Het parkgebied van de Waterakkers (30 ha) is een bijzonder zuiveringsproject: met een nieuw watersysteem wordt ingespeeld op het veranderende klimaat. Het project is gezien zijn aard en omvang in Nederland uniek. Vanuit circa 500 ha stedelijk gebied wordt water verzameld, dat nu nog via riool en Mark wordt afgevoerd. Het water wordt gezuiverd en opgeslagen. Vervolgens kan het strategisch worden ingezet in de bestrijding van verdroging van circa 200 ha EHS in de Lage Vuchtpolder. Het toekomstige watersysteem vormt tevens de basis voor een zeer bijzonder recreatief uitloopgebied en fraaie afronding van de stadsrand. Het waterschap, de gemeente Breda, Dienst Landelijk Gebied en Staatsbosbeheer werken samen aan dit project.
