Het waterschap is in 2008 begonnen om overlast door blauwalgen in stadswateren te bestrijden. In 2012 zijn in alle stadswateren maatregelen getroffen waardoor de overlast op korte termijn afneemt. Hiermee wil het waterschap binnen de planperiode de kwaliteit zichtbaar verbeteren. Niet alle blauwalgenbloei is als overlast beschouwd. Het waterschap kiest de locaties en de maatregelen in overleg met gemeenten en sportvissers. De locaties moeten belangrijk zijn voor recreatie of beleving van de ruimte, of een andere belangrijke maatschappelijke waarde hebben. Op langere termijn treedt duurzame verbetering op door het reguliere emissiebeleid.
Stadswateren worden door allerlei bronnen vervuild: toevoer van verontreinigd water, overstorten in de stad, poep van honden en vogels en grote hoeveelheden ‘brood voor de eendjes’. Daarom zijn veel partijen betrokken bij het schoner maken van de stadswateren. Gemeenten nemen maatregelen om de overlast door vogels en honden te voorkomen. Het waterschap voert veelal herstel van het watersysteem uit. Als de gemeente verantwoordelijk is voor het onderhoud van de stadswateren, horen ook baggerwerkzaamheden bij die taak. Het waterschap werkt hierbij samen met de lokale hengelsportverenigingen. De communicatie met bewoners pakken de gemeente en het waterschap gezamenlijk aan.
