Waterschap Brabantse Delta geeft in de periode 2009-2015 prioriteit aan de aanpak van de meest gevaarlijke stoffen. De prioriteitenvolgorde is als volgt:
In de periode tot 2015 neemt onder meer het aantal overschrijdingen van de normen voor bestrijdingsmiddelen met tien procent af. De hoeveelheid stikstof in de Mark en de Vliet neemt bij de monding van deze rivieren met tien tot vijftien procent af als gevolg van het nationale mestbeleid.
Het waterschap gaat de prioriteiten in de planperiode opnieuw bezien, als de resultaten van twee onderzoeken beschikbaar zijn: het onderzoek van het waterschap naar biologische beschikbaarheid van zware metalen in kleine beken op zandgronden en het onderzoek van de STOWA naar regionale getalswaarden voor nutriënten in sterk veranderde wateren.
Om het Volkerak-Zoommeer gezond te maken en de blauwalgoverlast te bestrijden, is het wenselijk het meer zout te maken. Een zout meer stelt andere eisen aan nutriëntenreductie: het streven wordt nu gericht op stikstofreductie in plaats van op fosfaatreductie. Volgens Rijkswaterstaat is reductie van de stikstofbelasting met 15% voldoende om overlast door toxische algen te voorkomen, als daarbij ook de ontwikkeling van schelpdieren extra aandacht krijgt. Hierdoor is aanvullend regionaal mestbeleid niet langer noodzakelijk.
Ook in de Binnenschelde bestaat voortdurend risico op algenoverlast. Het waterschap en de gemeente Bergen op Zoom brengen in de planperiode samen met andere partijen (waaronder de Provincie Noord-Brabant en Rijkswaterstaat Zeeland) duurzame en kosteneffectieve maatregelen in beeld. Verzouten lijkt ook voor dit water een kansrijke maatregel. In de tussentijd worden zonodig tijdelijke maatregelen uitgevoerd.
Het Markiezaatsmeer is een Natura 2000-gebied. Het meer is geleidelijk aan het verzoeten en is inmiddels zwak brak. De te beschermen vogelsoorten kunnen in zowel een zoet als een zout Markiezaatsmeer gedijen. Hoewel het meer voedselrijk is, zijn ernstige blauwalgplagen nog niet opgetreden. Door nalevering van fosfaat uit de waterbodem kunnen in de toekomst wel problemen ontstaan. Het concept beheerplan Natura 2000 voorziet in een verkenning van zoute en zoete oplossingsrichtingen. Uiterlijk eind 2015 wordt besloten of het meer zoet of zout wordt.
De Europese kaderrichtlijn Water vereist dat de lidstaten streven naar een goede chemische toestand in alle wateren. De wateren moeten voldoen aan normen voor chemische stoffen, die grotendeels in Europese of landelijke regels staan. Volgens de EU moeten de lidstaten ernaar streven om de doelen in 2015 te bereiken. Onder voorwaarden is uitstel mogelijk tot 2021 of 2027, bijvoorbeeld om onevenredig hoge kosten te voorkomen. De doelen voor de Natura 2000-gebieden staan in de betreffende beheerplannen.
De provincie heeft in het Provinciale Waterplan doelen voor de chemische toestand opgenomen, in overleg met het waterschap. Het einddoel en het tussendoel voor 2015 staan in factsheets per waterlichaam. De EU heeft een maatlat gemaakt voor het beoordelen van de chemische toestand (zie figuur). Het waterschap streeft ernaar dat de meeste waterlichamen in de planperiode naar een betere klasse verschuiven, voor zover ze nu nog niet in de klasse ‘goed’ vallen.
Soms moet Waterschap Brabantse Delta maatregelen treffen om ecologische problemen benedenstrooms te voorkomen. Een voorbeeld hiervan is de reductie van nutriënten in het beheergebied om overlast door blauwalgen in het Volkerak-Zoommeer te voorkomen. Ook het terugdringen van bestrijdingsmiddelen is een voorbeeld: dat is nodig om de drinkwatervoorzieningen te beschermen (grond- en oppervlaktewaterwinningen).
