
Het Markiezaatsmeer is een belangrijk Vogelrichtlijngebied dat deel uitmaakt van het Europese Natura 2000-netwerk. Het meer ontwikkelt langzaam van een zout- naar een zoetwatersysteem. Er dreigen problemen met blauwalgen. In het kader van het Deltaprogramma voor de zuidwestelijke Delta wordt naar oplossingen gezocht.
De bodem van het Markiezaatsmeer is van oorsprong marien. Dit zorgt voor nalevering van fosfaat, dat een voedingsbron is voor blauwalg. Tot op heden zijn nog geen drijflagen van toxische blauwalgen ontstaan. Wel is de brasempopulatie toegenomen. Dit is een indicatie dat het water voedselrijk en troebel is, en dat een blauwalgprobleem op de loer ligt.
Het waterschap werkt momenteel de kansrijke oplossingen voor het verbeteren van de waterkwaliteit verder uit. Dit gaat in samenwerking met Rijkswaterstaat Zeeland, het Ministerie van LNV, de provincie Noord-Brabant en de gemeente Bergen op Zoom, in het kader van het Deltaprogramma voor de zuidwestelijke Delta. Zowel zoete als zoute varianten worden bekeken. Men onderzoekt bijvoorbeeld de mogelijkheid om dynamiek terug te krijgen. Ook wordt nagegaan of de verblijftijd van het water verkort kan worden. Dit alles in samenhang met de nutriëntengehalten. Vóór 2015 wordt een beslissing genomen.
Zout of zoet, het zal nooit een ideale oplossing zijn. Er ontstaat altijd een zekere strijdigheid tussen de ecologische doelstellingen voor de dieren en planten in het water en de instandhoudingsdoelstellingen voor de watercondities voor de watervogels. Sommige vogelsoorten zijn bijvoorbeeld meer gebaat bij een voedselarmere omgeving, andere bij een voedselrijkere. De populatie kalegrondbroeders is het grootste knelpunt, kijkend naar de Natura 2000-instandhoudingdoelstellingen. De kalegrondbroeders staan in de hele delta onder druk. Om de populatie op peil te houden is terugkeer van peildynamiek belangrijker dan het zoutgehalte. De vraag is ook welke rol het Markiezaatsmeer moet en kan spelen bij het behoud van deze vogels.